Начало салафитскому движению в Карачаево-Черкесии положил имам Рамазан Борлаков, который в середине 1990-х создал в г. Учкекен первую ваххабитскую общину. В 1998 г. Борлаков уехал в Чечню, принимал участие в дагестанской войне во главе карачаевского батальона, и предположительно, погиб в 2000 г.
После отъезда Борлакова руководство карачаевскими салафитами перешло к Хызыру Салпагарову. С именем этого человека связывается попытка мятежа, который карачаевские и балкарские салафиты планировали поднять в 2001 г., возможно - при участии Гелаева. Но заговор провалился, и Салпагыров был арестован.
Члены джамаата КЧР – преимущественно карачаевцы. В разные периоды, по оценочным данным, численность салафитов КЧР колебалась в пределах 200 - 500 человек.
Наибольшую известность приобрела террористическая группа Мусульманское общество № 3. По одной из версий, этот джамаат появился в 1995 г. По одной из версий, название джамаата объясняется тем, что в салафитской иерархии «первый» номер неформально был присвоен чеченскому джамаату, «второй» - дагестанскому. Но скорее, что эта нумерация имеет отношение к собственно карачаевскому салафитскому движению, и может быть связана с тем, что до создания этого джамаата уже существовали два предшественника.
Первым лидером джамаата был имам Адам Семенов, около 2000 г. лидерство перешло к Гочияеву, который входил в ближайшее окружение Хаттаба, а в настоящее время является лидером вооружённого подполья Карачаево-Черкесии и Кавказа.
Мусульманское общество № 3 - немногочисленная, но чрезвычайно агрессивная террористическая организация. С деятельностью джамаата связано несколько значительных эпизодов в истории вооружённого движения.
Впервые об этой группе стало широко известно в 1999 году, после того, как боевики джамаата провели взрывы в Москве и Волгодонске. Из полутора десятков участвовавших в тех терактах боевиков почти все, за исключением Сайтакова и Ахмярова, были членами карачаевского джаммата. К настоящему времени (2007) половина террористов уничтожена, половина находится в тюрьмах.
Карачаевские маджахеды участвовали в войне в Дагестане в составе отдельного карачаевского батальона, а затем партизанили в чеченских горах и пытались развернуть вооружённое движение в Карачаево-Черкесии.
Первым значительным эпизодом вооружённой активности джамаата в КЧР был заговор с целью переворота, предпринятый в 2000 году. В этот период проводятся взрывы в Пятигорске: 6 октября 2000 года на железнодорожном вокзале погибли 2 человека, 8 декабря 2000 года на рынке было убито 5 человек. Ещё более масштабными были теракты 24 марта 2001 г. - почти одновременно произошло три взрыва заминированных автомобилей в городах Минеральные Воды, Ессентуки и около Черкесска. Наиболее значительными были последствия взрыва, который произошёл около Центрального рынка в Минеральных Водах - погибло 20 человек, было ранено 120. В общей сложности в трёх терактах погибло 28 человек, и более 150 человек было ранено.
В 2003 году террористы проводят диверсии на железной дороге: 3 сентября 2003 г. был взорван вагон поезда Кисловодск - Минеральные Воды, в результате чего погибло 5 человек, и было ранено 40 человек. Ещё более масштабный теракт произошёл в районе города Ессентуки 3 декабря 2003 г. - была взорвана электричка Кисловодск - Минеральные воды. В результате этого теракта погибло 48 человек, и более 150 было ранено.
Эта серия продолжилась московскими терактами 2003 – 2004 гг. Это взрывы около гостиницы «Националь» (2003), взрывы в метро, на автобусной остановке, около станции «Рижская» и взрывы в самолётах (2004).
На организационном уровне теракты 2003 – 2004 гг. проводились совместно Мусульманским обществом № 3 и басаевской Исламской бригадой шахидов Рияд-ус салихьийна. Но фактически это был интернациональная сеть, роли террористов в которой были распределены между чеченскими, карачаевскими, казахскими и русскими террористами.
В 2003 – 2004 гг. была приведена в активное состояние «спящая» сеть, члены которой выполнили организационную часть операций, а конечными исполнителями были привезённые из КЧР и ЧР шахиды′ и шахи′ды.
В отличии от предыдущих случаев, когда джамаат ориентировался на традиционную диверсионно-террористическую тактику, в 2003 – 2004 гг. проводятся шахидистские операции.
Ведущую роль в проведении серии московских взрывов сыграли уроженец Карачаево-Черкесии Николай Кипкеев (Киткеев) и бывший курсант военного училища, уроженец Волгоградской области Павел Косолапов.
Организатор терактов 6 февраля и 31 августа - Николай Кипкеев (Киткеев), погиб во время взрыва около станции «Рижская». Кроме этих терактов, Кипкеев – организатор взрывов в Воронеже.
На Косолапова была возложена ответственность за соучастие во взрыве в метро 6 февраля 2004 года, организацию теракта 4 июня 2004 г.на рынке в Самаре (11 человек погибло, десятки были ранены), который непосредственно провели казахи Тайжанов и Толеубай. Эта же группа в конце февраля провела серию взрывов на газопроводах около Чехова, Подольска и Бронниц, и 15 марта – взрыв ЛЭП около Симферопольского шоссе.
В декабре 2006 года начался суд над обвиняемыми в проведении терактов 2004 г. Перед судом предстали бывший сотрудник Минюста Мурат Шаваев, Максим Панарин (Панарьин) и Тамбей Хубиев. Панарин обвинялся также во взрывах 19 февраля, 19 и 26 июля 2004 года, и 26 января 2005 года в Воронеже, а Хумбиев – 25 августа 2003 года в Краснодаре, когда на трех автобусных остановках произошли взрывы, в результате которых 3 человека погибли и 20 человек получили ранения. В 2007 все трое были приговорены к пожизненному сроку тюремного заключения.